Institut de Génétique et Microbiologie - Université de Paris-Sud XI / CNRS
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Projet de Séquençage de Podospora anserina

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Podospora's picture

    Podospora anserina est un champignon filamenteux utilisé dans plusieurs laboratoires de génétique moléculaire afin d'étudier divers aspects de la biologie cellulaire fondamentale (vieillissement, différenciation et mort cellulaire, pluricellularité, épigénétique...), mais aussi des problèmes plus spécifiques à la mycologie. La facilité de sa culture, la rapidité et la sophistication de son analyse génétique et la possibilité de faire des expériences de biologie moléculaire, font de ce champignon un système modèle très performant. Les séquences complètes des génomes nucléaires et mitochondriaux de la souche S mat+ ont été établies en collaboration avec le CNRS et le Génoscope. Le Génoscope a effectué le sequençage et l'assemblage (cliquez ici pour plus d'information). Les résultats sont maintenant disponibles pour l'exploration par BLAST et le téléchargement.


Nouveau : Le papier présentant les principales caractéristiques du génome de Podospora anserina a été publié dans Genome Biology (lien direct vers la publication)

Version

[22 Février 2010] Version 6.23 : L'assemblage de la couverture 10x est desormais consitué de 60 Super contigs. Cette nouvelle version prédit l'éxistence de 10599 CDS et sera mis à jour de façon périodique.


Financement

La séquence complète a bénéficié d'un financement de l'appel d'offre "Séquençage à grande échelle 2002" du CNRS et du Ministère de la recherche et d'un financement du Génoscope. Le matériel informatique a été financé par l'IFR génome.


Contacts

Responsable du projet : Philippe Silar
Responsable management : Robert Debuchy
Responsable informatique pour l'annotation et l'analyse : Olivier Lespinet


Collaborateurs

Institut de Génétique et Microbiologie (Orsay, France) / IFR Génome
Centre de Génétique Moléculaire (Gif-sur-Yvette, France) / IFR Génome
Institut de Biochimie et Génétique Cellulaire (Bordeaux, France)
Laboratory of Genetics (Wageningen, Pays-Bas)




Genoscope (Evry, France)
Genoscope's visual
 
Liens vers d'autres génomes de champignons filamenteux :

Génolevures
Whitehead Fungal Genome Initiative
JGI Sequencing Program
Fungal Genome Resource
Fungi Genome Projects



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Dernière modification le 12-05-06.